创新学院是学校实施综合改革创新的试点二级学院，目前开设13个专科专业，在册学生1500余人。学院“根据市场设专业，突出特色办商药”，在明确办学定位的基础上，积极探索教育新模式，校企融合、工学结合，线下线下结合，集中学习和分散学习结合，因材施教，在教育教学过程中注重强化能力与技能教育，打造人人、处处可学的教学体系，满足了不同职业和年龄层次学生多样化的学习需求。
创新学院立足西咸，面向陕西，辐射全国，以培养应用型、实践型人才为目标，服务区域经济和特色行业发展。坚持以服务为宗旨，以就业为导向，积极搭建校企合作平台，先后与步长制药集团、九州通医药集团、杨凌步长、四川邛崃制药、吉林步长、四川泸州制药、西诺医疗器械、西安世纪盛康药业、天士力医药物流等等上百家知名企业建立了校企合作关系，为学生实习就业搭建广阔的平台。毕业生的就业率始终保持在93%以上。
